试运行期间，实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，制定了实验室章程及大型精密仪器使用规章制度；按照农业农村部各项文件指示精神，加强了全体工作人员的安全意识，对所有仪器设备进行安全检查，进行安全隐患自查工作，并进行了整改。如期向农业农村部和综合性重点实验室上报材料，包括重点实验室任务书、“安全生产月”等。如期参加学科群内活动，包括学术交流及实验室年终汇报等。
实验室实行主任负责制，设主任1名，常务副主任1名。实验室主任对实验室的财务工作、科学研究等负责。常务副主任负责实验室日常工作管理。学术委员会由国内外本学科技术领域的专家、学者组成，负责审议研究方向、发展规划、基金指南等。
